Extinction: Prologue ist eine Mischung aus Mystery, Fantasy und Drama in einer postapokalyptischen Welt. Die Story spielt rund dreißig Jahre nachdem eine kosmische Katastrophe nahezu alles Leben auf der Erde ausgelöscht und die wenigen verbliebenen Menschen in ein neues dunkles Zeitalter gestürzt hat.

In einem verlassenen Häuserblock mitten im Wald trifft ein einsamer Wanderer auf einen anderen Überlebenden – einen wunderlichen alten Mann, der ständig von seinem lange verlorenen Freund Matthew spricht. Als der Mann anbietet, eine Dose Bohnen zu teilen – ein wertvoller Schatz in diesen Zeiten – nimmt der Wanderer die Einladung an. Trotz seiner schrulligen Art erscheint der Eremit letztlich harmlos.

Doch schon bald muss der Wanderer feststellen, dass der alte Mann und sein Zuhause ein düsteres Geheimnis verbergen, denn die Apokalypse hat an diesem besonderen Ort eine seit langer Zeit verborgene Bedrohung entfesselt...